Contrairement à la biopsie par forage, la biopsie à l'aiguille fine est généralement indolore et ne provoque que peu de complications (saignement, infection).
Outre l'examen morphologique de la trachée et de l'arbre bronchique, elle permet la réalisation de biopsies, l'instillation de médicaments, et la pose de prothèses.
Il est possible de réaliser des biopsies à visée anatomo-pathologique, mais aussi des prélèvements bactériologiques, notamment un lavage broncho-alvéolaire.
